На страницу третьего семестра

Банк EMBL

  1. Сравнение разных записей в EMBL

    2. В документе SwissProt, описывающем белок cyns_ecoli нашла все ссылки на банк EMBL.

    C помощью SRS получила информацию, необходимую для заполнения следующей таблицы.

    Идентификатор записи EMBL Тип молекулы
    Класс данных
    Раздел EMBL
    		 Дата создания
    документа
    Описание
    Длина последовательности
    M17891 Genomic_DNA STD PRO 16-JUL-1988 775 E.coli cynS gene encoding cyanase, complete cds.
    M23219 Genomic_DNA STD PRO 06-JUL-1989 2633 Escherichia coli cyanate permease (cynT), cyanase (cynS) and protein of unknown function (cynX) genes, complete cds.
    U00096 Genomic_DNA STD PRO 23-FEB-2006 4639675 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.
    U73857 Genomic_DNA STD PRO 03-NOV-1996 128824 Escherichia coli chromosome minutes 6-8.
    Первые две записи однозначно включают в себя запись гена Cyns. Третья запись содержит полный геном.

  2. Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

    3. На основании результатов упр.1. выбрала 2 записи для дальнейшего изучения. Получила эти записи EMBL с помощью команд:
    entret embl:M17891 -auto
    entret embl:M23219 -auto
    и убедилась, что в этих документах действительно содержатся описания последовательности, кодирующей cyns_ecoli. Изучила документы и заполнила таблицу:

    Последовательности, кодирующие белок Cyns_ecoli в двух записях банка EMBL

      I II
    ID записи M17891 M23219
    Начало гена в записи 151 808
    Конец гена в записи 621 1278
    Направление гена прямое прямое
    Примечания*    

    Извлекла из полученных записей нуклеотидные последовательности, кодирующие cyns_ecoli, в виде отдельных файлов. С помощью команд:
    seqret M17891.entret -sask
    seqret M23219.entret -sask
    Идентичность 100%

  3. Знакомство с записью гена из эукариотического генома

    4. Изучите документ EMBL с идентификационным номером BA000025.


©Babskaya Evgeniya, 2005